El mensaje viene mostrado no por el propio Codeception, sino por "phpunit-bridge", así que simplemente, eliminando este paquete, se eliminan estos mensajes ;)
S i necesitamos instalar el módulo xmlrpc en nuestro servidor ubuntu por requerimientos de algún programa, simplemente debemos instalar los paquetes correspondientes con el comando: aptitude install php5-xmlrpc y como siempre reiniciamos el servicio service apache2 restart Puede que también te interese saber cómo se instalan los siguientes módulos: Instalar Curl PHP